La vida aeróbica está amenazada por la exposición a los radicales reactivos de oxígeno altamente tóxicos. Se trata de formas derivadas de la reducción del oxígeno e incluyen a los radicales: superóxido (O2), peróxido de hidrógeno (H2O2) e hidroxilo (OH), los cuales aplicados a los suelos agrícolas aumentan su cantidad de oxígeno.
Dada su alta toxicidad los organismos aeróbicos han desarrollado diversas estrategias para defenderse de la oxidación indiscriminada, consistentes en inactivar ciertas proteínas y oxidar ácidos nucleicos y otras moléculas esenciales. Esto quiere decir que una oxigenación excesiva puede derivar en una desinfestación casi total.
Algunos patógenos del suelo, incluido Fusarium oxysporum, no cuentan con enzimas oxigenasas, por lo que elevadas concentraciones de oxígeno les resultan letales, de forma que el oxígeno se puede utilizar para desinfestar suelos con problemas. Una oxigenasa es cualquier enzima que permite procesar el oxígeno del ambiente.
Claro que muchos microorganismos benéficos tampoco cuentan con una protección ante altas concentraciones de oxígeno en el suelo, por lo que una aplicación fuerte de peróxido de hidrógeno, por ejemplo, eliminará parte de las poblaciones benéficas, por lo que la oxigenación del suelo debe hacer a dosis bajas pero constantes.
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